La operación está supervisada por el Ministerio de Defensa Nacional y forma parte del plan del gobierno federal para ampliar el papel del ferrocarril más allá de los servicios de pasajeros.
La operación de transporte de mercancías se realiza con una flota de locomotoras Wabtec ES44AC con una potencia nominal de 4500 hp. Las locomotoras, identificadas como TMY 2004, 2005 y 2006, se han utilizado para maniobras de acoplamiento y posicionamiento inicial de plataformas intermodales.
Los trenes de mercancías están equipados con el Sistema Europeo de Gestión del Tráfico Ferroviario (ERTMS), lo que permite su funcionamiento junto con la infraestructura de pasajeros existente. La integración tiene por objeto permitir un uso coordinado de la línea, manteniendo al mismo tiempo las normas de seguridad comunes.
Las pruebas se están realizando por la noche en el tramo que conduce a Tenosique. Los movimientos incluyen la colocación de las primeras plataformas que soportarán el lanzamiento de los servicios regulares de carga.
El proyecto del Tren Maya abarca la península de Yucatán y se desarrolló principalmente como ferrocarril de pasajeros. La introducción de servicios de mercancías añade una función logística al corredor, conectando zonas industriales y puertos del sureste de México.
