La fiscalización reveló que algunos proyectos se retrasaron años, lo que repercutió significativamente en el crecimiento de los costes. Por ejemplo, para la reconstrucción de 59 proyectos prioritarios, considerados clave para garantizar los objetivos estratégicos y los compromisos internacionales, el Ministerio de Defensa preveía unos costes de 226.500 millones de coronas checas en 2013. Sin embargo, la estimación actual asciende ya a 441.000 millones de coronas, es decir, un 95% más. Solo 9 de los 39 proyectos definidos, es decir, menos de una cuarta parte, se completaron en el plazo previsto.
El retraso afecta también a los proyectos de la red transeuropea de transporte, lo que amenaza con poner en peligro el objetivo fijado por el reglamento de la UE, según el cual las líneas de la principal red transeuropea deben modernizarse para 2030. Entre ellas figuran las líneas Brno - Přerov, y Praga - Kladno con conexión al aeropuerto Václav Havel de Praga.
La modernización de la línea Brno - Přerov está prevista para 2031, lo que supone un retraso de seis años respecto al plan original. La finalización de la línea Praga - Kladno con conexión al aeropuerto Václav Havel de Praga se ha aplazado cuatro años, hasta 2029. Los costes de la modernización de las dos etapas de esta línea han sido fijados actualmente por SŽ en 42.700 millones de coronas checas, lo que supone 13.100 millones más que las previsiones originales. Esto se debe, entre otras cosas, a un cambio en el diseño técnico de los túneles perforados o a la creación de nuevos pasos subterráneos.
Sin embargo, la Administración Ferroviaria no está de acuerdo:
"Lamentablemente, tenemos que afirmar que la auditoría comparó cantidades incomparables en cuanto al alcance de las actividades y la construcción, en cuanto al tiempo, el alcance del diseño técnico y los precios reales. En algunos casos, se ejecutaron simultáneamente soluciones técnicamente más exigentes y, por tanto, más costosas para la realización de las obras", se opone la Administración Ferroviaria.
Según la SAO, dado el aumento del 95% en los costes de los proyectos prioritarios, existe el riesgo de que no sea posible conseguir dinero suficiente para completar todos estos proyectos.
La SAO examinó en detalle 15 de los 156 proyectos destinados a la reconstrucción, modernización, revitalización y aumento de la velocidad de las líneas. El valor de los proyectos fiscalizados ascendió a casi 105.000 millones de coronas checas. En siete de los proyectos fiscalizados, el procedimiento de planificación o construcción se retrasó porque la SAO presentó una solicitud incompleta y hubo que interrumpir el procedimiento. En la mayoría de los casos, faltaba el consentimiento de los propietarios de los terrenos afectados por la construcción. Por ejemplo, el proyecto "Revitalización de la línea Rokycany - Nezvěstice" tardó casi cuatro años en completar el procedimiento de planificación.
De los 15 proyectos fiscalizados, cinco han cumplido hasta ahora los objetivos de aumentar la velocidad en la línea o reducir la duración del trayecto. Dos proyectos aún no han cumplido los objetivos y los ocho restantes no han podido verificarse porque aún no han finalizado.
